Así se secuencia el nuevo coronavirus en España

El genetista Fernando González Candelas puede incluir en su CV la resolución de un crimen. Fue hace casi quince años. En 2006 él y su colega Andrés Moya determinaron que el anestesista Juan Maeso había contagiado el virus de la hepatitis C a al menos 275 personas, y ayudaron así a cerrar un larguísimo proceso judicial.

Para González Candelas, que desgranó los pormenores técnicos del caso en una publicación científica, fue “probablemente uno de los casos más complejos de aplicación de la teoría evolutiva en una pericia forense”. Maeso fue condenado a casi 2.000 años de prisión.

Sí, la genética evolutiva resuelve crímenes. Y no únicamente. También es la pieza de conocimiento en que se basan cientos de investigadores en todo el mundo para entender ahora, en la actual pandemia, cómo se dispersa por el mundo el coronavirus y cómo está cambiando en el proceso.

Comparando las secuencias genéticas de virus aislados en distintas partes y momentos se ve su evolución: cómo, cuándo y dónde ha ido mutando. Las mutaciones revelan los linajes y acaban mostrando la genealogía de los virus analizados.

En el caso Maeso ese tipo de estudio desveló que el virus del anestesista era el 'padre' de los virus del resto de afectados, y ahora la comparación de secuencias permite seguir el rastro genético de la colonización del planeta por parte del coronavirus.

No solo eso. También es una investigación crucial para saber, por ejemplo, si se está volviendo más o menos agresivo. Algo sobre lo que —adelanta ya González Candelas— no hay, por ahora, ninguna evidencia.

Los entresijos de los coronavirus españoles

Este investigador de la Universitat de València y del FISABIO (Fundación para el Fomento de la Investigación Sanitaria y Biomédica (FISABIO) de la Generalitat Valenciana), pionero en la introducción en España de la epidemiología molecular como herramienta de salud pública, fue el primero en secuenciar coronavirus de pacientes españoles, el 10 de marzo.

Ahora hay ya unas 150 secuencias ‘españolas’, que los investigadores publican en bases de datos internacionales de acceso público. La información en esos repositorios sirve para elaborar los árboles genealógicos de la plataforma NextStrain, un proyecto de código abierto que —explican sus responsables en su web— pretende aprovechar “el potencial científico y para la salud pública” del análisis del genoma de patógenos.

NextStrain cuenta ya con casi 4.000 secuencias del coronavirus SARS-CoV-2, y “cada día se añaden varios cientos de secuencias más”, explica el último informe de esta plataforma.

La más antigua de las españolas se obtuvo de un paciente el 25 de febrero, en el hospital La Paz de Madrid, y fue secuenciada en el Instituto de Salud Carlos III. Le sigue otra muestra del 26 de febrero en Valencia, analizada por González-Candelas.

Hay en NextStrain otras 30 secuencias de Madrid; 2 de Barcelona; 4 del País Vasco; 1 de Canarias; 1 Cataluña; 2 Castilla La Mancha; 4 Castilla-León; 99 de la Comunidad Valenciana; 1 de Galicia; 1 de La Rioja.

Evolución en España

Sin embargo, estas secuencias aún no bastan para trazar el mapa genético de la epidemia en España. Este es el objetivo del proyecto que acaba de arrancar liderado por González-Candelas e Iñaki Comas, del Instituto de Biomedicina de Valencia (IBV) del Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC).

Esperan analizar entre 3.000 y 4.000 muestras, procedentes de los 40 hospitales de todo el país que también forman parte del equipo. Cuentan con un presupuesto de casi 750.000 euros que incluye financiación de la Fundación MAPFRE, informa el CSIC.

“Aspiramos a que se unan aún más hospitales”, dice González-Candelas. “La colaboración de los hospitales es esencial, la riqueza del proyecto es entender la propagación de la enfermedad a escala nacional. Lo que nosotros vemos es la evolución del virus en la población. Seguimos genéticamente el movimiento del virus: cómo se dispersa, qué mutaciones aparecen”.

En los primeros casos de Valencia —de donde hay más información-, a finales de febrero, se han identificado tres linajes distintos, procedentes del norte de Italia. “De lo que pasó más tarde aún no tenemos los análisis”, explica González-Candelas, “y será difícil conseguir los datos para hacer afirmaciones rotundas”. Sí se ve ya que desde mitad de marzo hay muchos más linajes, pero “aún no sabemos de dónde proceden o con quién se relacionan, porque falta obtener secuencias de muchas partes de España”.

Se puede ver también que el linaje de la muestra de Madrid del 25 de febrero es distinto de las primeras de Valencia. Está relacionado con secuencias que han aparecido tanto en Europa como en China, “por lo que no podemos sacar mucho en claro”, dice el genetista del FISABIO.

Para tener un dibujo real de la evolución de la epidemia se debe superponer —metafóricamente— el mapa genético que muestra las secuencias con el mapa de los datos epidemiológicos. Por eso genetistas y epidemiólogos trabajan codo con codo.

“Sin la información que aportan ellos, por haber hablado con las personas, es imposible hacer afirmaciones sobre de dónde viene el virus, porque no sabemos si faltan [no se dispone de] las secuencias de donde realmente se infectó esa persona, o si lo hizo donde están las secuencias que aparecen relacionadas con la suya”, dice González Candelas, que por ahora colabora con epidemiólogos de la Dirección General de Salud Pública de la Comunidad Valenciana.

Cambios en la agresividad

Al centenar de secuencias obtenidas en Valencia se sumarán pronto “unas 700 más que están en cola”, afirma el investigador del FISABIO. De su análisis, y el de las miles que les sigan, se podrá deducir la efectividad de las medidas de contención en cuanto a la dispersión del virus: “Si cuando no hay movilidad tenemos secuencias que conectan provincias distintas, podemos decir si hay mucha intercomunicación o no”.

También se detectarán variaciones en las propiedades del coronavirus. Por ahora ningún linaje se relaciona con cambio alguno, ni en su capacidad de contagio, ni de provocar una enfermedad más grave.

Nada de eso se ve tampoco en los miles de secuencias de todo el mundo, insiste González Candelas, que advierte que no es rara estas semanas la publicación de artículos que no han sido sometidos al proceso habitual de revisión entre pares, y que llegan a conclusiones erróneas.

Los grupos de Comas y González-Candelas suman una veintena de expertos, sobre todo genetistas y bioinformáticos. Con los equipos en los hospitales, en el proyecto para analizar la genética de la epidemia trabajarán en total un centenar de personas.

“Viaja tan rápido como nosotros”

El ritmo de trabajo será intenso, sin duda. Ya lo es. Normalmente se tarda poco más de un día en obtener una secuencia, pero cuando hay tantas muestras los tiempos cambian. De hecho, el grupo está aún poniendo a punto la estrategia más efectiva. Solo una vez antes, en el mencionado caso Maeso, han tenido que lidiar con un número tan alto.

Aun así, querrían que fueran todavía más, hasta 20.000, y para ello han solicitado financiación en la convocatoria del Instituto de Salud Carlos III específica para el coronavirus. Así podrían incorporar información genética del despliegue de la epidemia a medida que avanza e idealmente cubrir todo su desarrollo temporal. “Hemos pedido financiación pensando en un año, pero nadie sabe cuánto durará esto, claro”, comenta González-Candelas.

¿Qué es lo que más le ha impactado de la epidemia hasta ahora? “La práctica imposibilidad de frenarlo en las fronteras”, responde este investigador. “No hemos podido pararlo. Este virus se mueve tan rápido como nosotros, y nosotros ahora globalmente nos movemos muy rápido. Así está yendo la pandemia”.